位于东京西部的巨大学园都市在总人口达230万人其中约8成是学生的这座都市中实施着超能力开发的特殊课程学生们的能力被给予从无能力Level 0到超能力Level 5的六阶段评价　　高中生上条当麻也是住在学园都市的学生之一他由于隐藏在右手中的力量只要是异能之力就连神的加护都能消除的幻想杀手Imagine Breaker而被评价为名落孙山的无能力过着充满不幸的人生　　而上条的学生生活由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化自从与逃离魔法世界的她禁书目录茵蒂克丝相遇开始上条就被卷入了各种各样的事件中统率学园都市的科学方与茵蒂克丝关联的魔法方在惊险地解决双方事件的过程中他的人际关系也逐步扩展之后魔法一方的十字教最大宗派罗马正教终于注意到上条的存在……　　如同呼应魔法方一般科学方的学园都市也有所动作但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现那些通过与上条有所关联而使命运大为改变的英雄们　　他们挺身而出与世界对峙如同上条当麻做过的那样　　科学与魔法第三次交织之时故事将大幅推进