警方為應付未確認生命體而開發了G3系統這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來裝著員是一位叫冰川誠的警員為人真誠但略為粗獷警方另一部門在荒島上發現了古代文明並進行解碼當未確認生命體再次出現連G3也不是其對手時神秘的金色幪面超人亞極陀登場這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身起初因未能控制而襲擊G3　　翔一暫住在美杉義彥的家認識了擁有超能力的風谷真魚真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶並遇上葦原涼涼在父親的遺物中發現一本記事薄當中提及之姓名卻無人知曉查探父親死因後竟發現自己是另一個幪面超人－磯烙使磯烙使是不完整的亞極陀所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証有次他相當危險幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救之後出現的未確認生命體也相繼被翔一涼以及誠所打敗　　後來涼誤會女朋友是被亞極陀所殺造成磯烙使與亞極陀對峙的局面又因亞極陀多次拯救G3G3加入戰團對付磯烙使可惜G3聯手亞極陀未敵磯烙使警方有見及此更厲害的武器－G3X在G3X和亞極陀合作下未確認生命體雖然愈來愈厲害但也被擊倒　　第三個幪面超人是由木野薰變身他雖然會優先對付未確認生命體但亦會對付磯烙使和亞極陀因他認為世上有他就夠了後來他被強化了的磯烙使所敗又被涼所救而作出改變　　原來謎的青年是遠古使用闇力量的創造主他今次派出水的精靈對付三個幪面超人及G3起初四人不敵但翔一打破恐懼令亞極陀的力量再上一層再合四人之力將他打敗　　在警方和真魚的調查下發現翔一的姐姐木雪菜也曾經變成亞極陀而其他擁有超能力的人最終也會變成亞極陀真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而疏離翔一這時闇的創造主親自出擊要收回翔一等的力量更決定殺盡所有人類以免有更多的亞極陀誕生他派出風地水三精靈翔一涼和誠的最後一戰在此展開